Na začiatku hry dostáva Lara akúsi úlohu od Natly.Musí získať sciony a odovzdať ich Natle.Lara netuší že nieje sama koho poslala Natla aby získala sciony.Lara sa chytí do pacse a Natla zoberie Lare 2 sciony pričom už má jeden.Lara sa dozvedá že Natla je vládkyňou Atlantídy a chce ovládňuť svet pomocou 3 scionov.Lara sa vyslobodí pomocou video ukážky a potom sa vydáva do Atlantídy,kde začnú bojovať, Natla zomrie a Lara uteká ale bez scionov z Atlantídy ktorá sa rúca a potápa sa.